kegg代谢通路分析[kegg分析是什么意思]

kegg分析是什么意思

KEGG是了解高级功能和生物系统（如细胞、生物和生态系统），从分子水平信息，尤其是大型分子数据集生成的基因组测序和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源，由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。KEGG分析是通过对基因的表达信息进行分析来确定基因的功能的。GO分析和KEGG分析的主要区别在于它们所依据的数据不同。GO分析是基于序列信息的，而KEGG分析是基于表达信息的。这意味着GO分析可以在基因还没有被表达的情况下就可以确定其功能，而KEGG分析则必须等到基因被表达出来之后才能进行分析。KEGGPATHWAY犹如一幅精美的细胞机制画卷，描绘着分子间的互动与反应网络，揭示了基因产物如何协同作用于生物过程。它不仅包含了代谢通路，还包括药物靶点预测等多维度研究内容，为我们提供了丰富且深入的生物研究工具。在进行基因通路富集分析时，我们的目标是识别那些在特定生物过程中异常活跃的基因群。

怎么做基于KEGG的生物通路富集分析

在R语言的世界里，KEGG信号通路的富集分析是一种强大的工具，帮助我们理解基因表达数据背后的生物学过程。让我们通过clusterProfiler包的enrichKEGG函数揭开这一神秘面纱，从DOSE包获取一组基因的EntrezID，这是通路分析的基础。代谢通路：目前在通路数据库(PATHWAYdatabase)中代谢通路是建立得最好的，有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网粻丁纲股蕺噶告拴梗茎络。利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有的代谢通路：先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。在分析阶段，我们分别对上调和下调基因执行富集分析，设定显著性阈值为9。我们将结果可视化，通过kegg_plot函数将上调和下调基因的富集路径以条形图的形式呈现，颜色区分上调（红色）和下调（蓝色）基因，以直观地展示各通路的差异性。如果你已经对DAVID的基因富集工具有所了解，知道如何通过Excel进行零代码操作，那么接下来的章节将带你进入R的天地，开启更精细的图示呈现。</从零代码GO富集分析的柱形图展示，到一张图清晰呈现BP、MF、CC和KEGG，R语言的灵活性让你能够定制出专业级的可视化效果。

GO,KEGG,DO 富集分析

Gokegg富集分析是一种生物信息学工具，用于分析一组基因在细胞、组织或生物体中是否具有共同的生物学功能或通路。它可以将不同基因集之间的差异性比较和功能注释结果整合起来，进而预测哪些生物学过程与不同基因集相关联。GO富集分析原理：有一个term注释了100个差异表达基因参与了哪个过程，注释完之后（模式生物都有现成的注释包，不用我们自己注释），计算相对于背景它是否显著集中在某条通路、某一个细胞学定某一种生物学功能。KEGG指的是京都基因与基因组百科全书，通常我们使用KEGG中的pathway模块，将基因映射到某些通路上，了解基因参与生物体中的代谢过程等。对于模式生物，GO和KEGG富集分析实现起来比较容易，对于非模式生物来说还是需要花点时间和精力。对于模式生物的GO和KEGG富集分析，网上教程案例挺多的。导航GO世界GO，基因功能分类的黄金标准，它将基因功能划分为分子功能、细胞组分和生物过程三大领域。富集分析的核心是理解前景基因（如差异表达基因）中特定GOterm在特定领域中的占比是否显著高于背景基因（所有基因）。

怎样在kegg查找萜类化合为合成通路

一般多根据此类成分挥发性、亲脂亲水性、特殊官能团的专属反应性以及极性等差异进行提取分离。提取分离萜类化合物要注意减少或避热、酸及碱对结构的影响。柱色谱作为效率较高的分离方法应用最为广泛。Ruzicka提出的假设首先由Lynen证明焦磷酸异戊烯脂（Δ的三次方-isopentenylpyrophosphate,IPP）的存在而得到初步验证。其后Folkers又在1956年证明R）-甲戊二羟酸（3E-mevalonicacid,MVA）是IPP的关键性前体物质。由此证明了萜类化合物是由异戊二羟酸途径衍生的一类化合物，这就是“生源的异戊二烯法则”。萜类化合物合成代谢的前体物质是甲羟戊酸。根据查询相关资料得知，萜类化合物是一类种类繁多、功能多样的化合物，部分具有抗癌、增强免疫力等作用，具有良好的生物活性，在食品、保健品以及医疗等领域应用广泛。存在于植物细胞胞质中的甲羟戊酸(Mevalonicacid，MVA)途径为萜类化合物的合成提供前体。

如何利用KEGG找模式菌的所有氨基酸代谢途径

首先打开KEGG数据库，你会进入下面这个界面，点击KEGGPATHWAY。红框标识的是PATHWAY的一级分类，蓝框框住的是二级分类。比如第一个Metabolismpathway的二级pathway已经列出来了。如果我想找细胞凋亡相关的通路，是有一个cellularprocess，很明显我们的通路应该在这里。代谢通路是kegg数据库里的pathway数据库。可以通过全基因组预测了编码基因后，进行pathway数据库注释，从注释结果的功能信息中通过关键字查找。一般都能找到。如果找不到，有可能是关键字不对或者基因组中没有这样的代谢通路功能基因。在出现的页面中，点击hsa00030这个通路即可。氨基酸参与代谢的具体途径有以下几条：主要在肝脏中进行：包括如下几种过程：氧化脱氨基：第一步，脱氢，生成亚胺；第二步，水解。生成的H2O2有毒，在过氧化氢酶催化下，生成H2O和O解除对细胞的毒害。Arg——精氨酸氨基酸是羧酸碳原子上的氢原子被氨基取代后的化合物，氨基酸分子中含有氨基和羧基两种官能团。与羟基酸类似，氨基酸可按照氨基连在碳链上的不同位置而分为α-，β-，γ-...w-氨基酸，但经蛋白质水解后得到的氨基酸都是α-氨基酸，而且仅有二十几种，他们是构成蛋白质的基本单位。

泛基因组分析方案

泛基因组中的基因分为核心基因和非必需基因,不同类型基因在特征和功能上具有明显差异,通过对不同类型基因集的比较,可以进一步揭示物种的基因组变化和适应性机制。作为现代基因组学研究中的热门话题，泛基因组（pan-genome）指的是一个物种或群体内所有基因的总和，包括生物体内的核心基因研究和非核心基因研究。泛基因组有助于充分挖掘目标物种的遗传变异资源。2020年6月，中国科学院遗传与发育生物学研究所报道了大豆泛基因组和图形基因组。2021年5月28日，四川农业大学的研究团队又在期刊Cell在线发表了首个水稻泛基因组和图形基因组，并通过泛基因组分析揭示了水稻中“隐藏”的基因组变异。大豆是一种非常重要的油料和蛋白质来源。为了研究其基因组多样性，需要构建高质量的泛基因组。作者denovo组装了26个代表性的大豆，同时对2898个大豆进行了重测序，结合之前发表的基因组，构建了一个graph-basegenome，并且进行相应的分析，得到了许多二代测序不能被发现的遗传变异。

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