序列比对结果怎么看

序列比对结果怎么看

序列比对是生物信息学中常用的分析方法之一，它能够比较不同序列之间的相似性和差异性。比对结果可以提供关于序列的结构、功能和进化关系的重要信息。小编将介绍序列比对结果的解读方法和注意事项。

1. 比对结果的可视化

使用ClustalX软件可以加载刚刚完成的fasta格式比对文件，然后导出可视化文件。一般默认参数即可得到多序列比对的可视化结果。

2. 序列的起始位点标注

为了更好地进行分析，首先需要将比对的基因的起始位点标出来。然后可以对DNA序列进行分析，注意检查该序列是从头开始还是从中间等位置开始的。

3. 蛋白质序列的比对

在比对蛋白质序列时，可以通过蛋白质数据、Genbank、Uniprot等数据库搜索得到蛋白质序列。比对结果可以通过ClustalW网站进行分析，使用Clustal算法等进行比对。

4. 比对结果的解读

比对结果通常显示两个排序列：上排的序列是之前放在“Enter Query Sequence”框中的序列，即原序列；下排的序列是放在“Enter Subject Sequence”框中的序列，即测序序列。

5. 评价比对结果

评价一个比对结果的标准主要有三项：E值(Expect)、一致性(Identities)和缺失或插入(Gaps)。E值表示在进行大量随机比对的情况下，期望得到与查询序列的比对相似性至少一样好的结果的次数。

6. Blast结果的解读

Blast是以hit为单位显示结果的，每个hit的显示信息都应该深入理解。比对结果会显示比对的基本信息，比如比对类型、序列长度和所选的数据库。详细的结果显示图可以通过序列直观地观察比对情况。

7. Blast结果的深入解读

除了查看比对结果的数字，通过序列本身可以直观地了解比对情况。注重对序列的分析和观察，不要仅仅迷信于数字结果。

8. 序列比对分析

使用MEGA软件进行序列比对分析，首先载入fasta序列，然后使用Clustalw算法进行比对。得到的结果需要进行编辑，确保第一列只包含物种名，同时去除序列两端的空序列，以便比对序列的准确性。

序列比对结果的解读十分重要，在生物信息学研究中起着至关重要的作用。通过可视化结果、起始位点标注、比对方法选择、评价比对结果等方法，可以深入理解序列比对结果，从中获取对序列结构、功能和进化关系的有益信息。

参考资料：

1. http://www.xinbio.org/showinfo-7-48396.html

2. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037020300589

3. https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4ODEyNzg3NQ==&mid=2247484582&amp

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